目前抗逆转录病毒疗法不能根除HIV感染。在急性HIV感染早期，潜在感染的CD4+T细胞聚集，半衰期很长，甚至长期抑制血浆中病毒复制<50/ml。抗逆转录病毒疗法的主要目的是最大程度持久地抑制病毒载量，使免疫功能恢复，生活质量改善，降低HIV的发病率和病死率。实际上，所用的治疗方法使HIV感染相关的发病率和病死率实质性下降。

　　病毒血症是HIV感染的重要预后指标，而病毒血症下降则是抗逆转录病毒治疗的临床效果。因此，尽可能长期大量抑制病毒血症是抗逆转录病毒疗法的重要目的。但此目的对有效治疗选择需保持平衡，对可检测的病毒血症转变，抗逆转录病毒疗法可快速用尽治疗选择，合理参数可改变治疗方法。
　　虽然个体反应各异，但HAART通常能增加CD4+T细胞100-200/ul或更多。CD4+T细胞反应通常与病毒载量抑制程度有关。治疗期间，持续病毒载量抑制很可能在CD4+T细胞中较高。促进CD4+T细胞反应可出现不完全病毒载量抑制，这并不表明预后不良。在较满意的病毒血症抑制中，出现持续免疫反应尚不清楚其原因。因此，病毒载量是长期临床预后的重要指标，CD4+T细胞数量持续升高，部分免疫功能恢复亦应予以重视。病毒血症降低需改变治疗方案，这可通过观察进行调节。目前还认识不到持续此疗法，将不可避免导致耐药病毒快速积聚。应维持合理治疗，加倍努力，经常监测。

　　HAART使部分免疫功能重建，可能废除一些不必要的治疗，如抗机会性感染的预防和维持疗法。在用HAART的患者中，幼稚T细胞的出现，紊乱T细胞受体VB的部分正常，残余的胸腺功能，表明这些患者常出现部分免疫功能重建。在体外，HAART对机会性感染相关微生物的反应中，可见到免疫功能恢复的进一步证据。HAART用药期间，CD4+T细胞升至>200/mm3时，在停止原发性PCP预防治疗的患者中，缺乏PCP病例。目前的治疗方法包括HAART引起的CD4+T细胞增加的某些机会性感染，停止预防性治疗及维持疗法。